Akcja filmu rozpocznie się na prowincji stanu Virginia, gdzie w zagadkowych okolicznościach znika grupa kobiet. Lokalni policjanci nie mają nic poza tajemniczą postacią pojawiającą się przy autostradzie i domniemanymi wizjami skompromitowanego księdza o eksperymentach medycznych, które mogą, ale niekoniecznie muszą, mieć jakiś związek ze zniknięciami. Sprawa z pewnością mogłaby zainteresować Archiwum X, ale ta jednostka FBI dawno już przestała istnieć, a jej filary, byli agenci Fox Mulder i dr Dana Scully, nie mają już ochoty wracać do przeszłości.

Podtytuł drugiej części pełnometrażowego "Z Archiwum X" będzie brzmiał "I Want to Believe". Fraza ta widniała na plakacie wiszącym w biurze Foxa Muldera. Nawet sam twórca serii i obu filmów - Chris Carter - postanowił opowiedzieć o wyborze tytułu:

„To naturalnie pasujący tytuł. W końcu jest to historia o próbie pogodzenia wiary z nauką. "I Want to Believe" to hasło, które podkreśla problemy Muldera z jego wiarą.”

W filmie po raz pierwszy Mulder i Scully pocałują się, nie mogliśmy tego wcześniej uświadczyć ani w serialu ani w pierwszym filmie kinowym.